Alear, der Wyrmgott der Prophezeiung, ist erwacht und sucht die zwölf Emblem-Ringe, um Frieden auf den Kontinent Elyos zu bringen. Doch mit der Auferstehung Alears steht auch die Rückkehr seines dämonischen Gegenspielers Sombron bevor, der Elyos unterjochen möchte. Fire Emblem Engage schickt euch auf einen neuen Kontinent, der fünf unterschiedliche Königreiche beheimatet. Dort befehligt ihr die Armee des Wyrmgottes und schlagt taktisch geprägte Schlachten gegen Sombrons Schergen im Kampf um die zwölf Emblem-Ringe.